The Lattice Project

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The Lattice Project
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開發者 University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational BiologyUnited States.gif
版本歷史 2007年5月17日
計算程序 WindowsLinuxMac OS X
子項目
項目平臺 BOINC 平臺
項目類別 生命科學
項目狀態 運行中/開放注冊
官方網址 The Lattice Project
項目文獻 分類:The Lattice Project 相關文獻
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The Lattice Project 項目使用的就是馬里蘭大學(University of Maryland)開發的網格計算系統,該系統整合了 GlobusBOINC 和其它一些軟件組件。(來源)

該項目始于2003年末,持續至今,由馬里蘭大學開發,本意是為了自身的科研需要,但開發者認識到了BOINC平臺的巨大優勢,并認為BOINC社區有可能是 Lattice的最有潛力的計算資源。Lattice正在以BOINC平臺為基礎,轉移原有項目并為之開發適合于BOINC平臺的新程序。官方全面介紹這里 待翻譯


研究內容

Lattice項目網格系統上運行了多個各種各樣的研究項目。(來源)

  • 愛德華茲實驗室(Edwards laboratory)正在使用HMMPfam服務(HMMPfam service)來計算來自Swiss-Prot、TrEMBL、GenBank、RefSeq和TIGR's CMR的所有細菌、質粒以及病毒蛋白質序列的Pfam課題(Pfam assignments),并包括來自RefSeq細菌基因組的所有不確定的預言。這些蛋白質序列,以及它們的Pfam課題,將被用于快速微生物鑒別數據庫(Rapid Microorganism Identification Database)(www.RMIDb.org)。HMMPfam服務也會作為Lattice基礎網格的一個用于“大數據量的”生物信息學程序的模型。該網格由卡明斯實驗室(Cummings Laboratory)和愛德華茲實驗室(Edwards laboratory)協作完成。
    • N.J. Edwards and F. Pineda. Poster at ASMS (2006). Rapid Microorganism Identification Database (www.RMIDb.org), 2006. PDF
  • 凱瑟琳.迪博爾博士(Dr. Catherine Dibble)的計算實驗室組通過基于媒介的仿真模型來研究禽流感在美國地域上的地理學蔓延過程,以期量化相關的全國流行的風險,并決定最佳干涉策略。目前被使用的網格服務是Complab
    • Catherine Dibble, Stephen Wendel, and Kristofor Carle (University of Maryland). Simulating Pandemic Influenza Risks of U.S. Cities. In Proceedings of the 2007 Winter Simulation Conference, 2007. PDF
  • Maile NeelJoanna Grand通過使用Marxan來量化在自然保護區中所記錄的生物差異的貧乏的、不完全的資料的效果。
    • Grand, J., M. P. Cummings, A. G. Rebelo, T. H. Ricketts, and M. C. Neel. 2007. Biased data reduce efficiency and effectiveness of conservation reserve networks. Ecology Letters 10:364-374. PDF
  • 大衛弗斯曼實驗室(Laboratory of David Fushman)正在Lattice平臺上運行蛋白質對接算法(protein:protein docking algorithms)。受來自于實驗條件的局限所迫,該算法將有助于模擬巨大的多分子蛋白質的結構,以及蛋白質與不同配合基的相互作用。CNS是該項目中具有代表性的網格服務。
    • Varadan, R., Assfalg, M., Raasi, S., Pickart, C. & Fushman, D. Structural Determinants for Selective Recognition of a Lys48-Linked Polyubiquitin Chain by a UBA Domain. Mol Cell 18, 687-98 (2005). PDF
  • 來自莎拉提斯科夫實驗室(Laboratory of Sarah Tishkoff)的 Floyd Reed 以及 Holly Mortensen 正通過Lattice項目來進行若干MDIVIM的仿真模擬,他們運用分子的群體遺傳學(molecular population genetics),以期通過DNA序列的多態現象來對非洲變化多樣的人口的趨異分散和遷徙移動的次數進行估計。

NOTE: If you are a researcher using The Lattice Project for your work, please cite The Lattice Project in your papers and publications using these guidelines.


出版物

Publications 待編輯


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