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2018年

  • 2018/10/04

[email protected]:对人类苯丙氨酸羟化酶中调控ACT结构域的模拟揭示了这种酶与苯丙氨酸的结合机制

苯丙氨酸羟化酶(PAH)是哺乳动物体内的一种非常重要的酶,它能够调节动物体内的苯丙氨酸(Phe)含量,从而防?#26500;?#39640;苯丙氨酸浓度产生的神经毒性对动物造成伤害(由基因失调导致的高苯丙氨酸血症以及苯丙酮酸尿症就是苯丙氨酸羟化酶异常的结果)。

四聚体1苯丙氨酸羟化酶2可以通过迅速的变构3在两个亚基4的ACT结构域5之间形成一个蛋白?#24335;?#20114;界面(protein-protein interface),并通过这个界面与苯丙氨酸的结合,从而感知苯丙氨酸浓度的变化。这个界面只存在于被激活的四聚体苯丙氨酸羟化酶(A-PAH)中,而在处于休眠状态的四聚体苯丙氨酸羟化酶(RS-PAH)却不存在。为?#25628;?#31350;这种变构感知的机制,我们在这里使用了[email protected] 计算平台的GROMACS分子动力学模拟工具,进行了广泛的分子模拟和对苯丙氨酸与ACT结构域二聚体结合过程的 Markov state model analysis。

这些模拟的结果强烈暗示着在苯丙氨酸与ACT结构域二聚体的?#20174;?#20013;有一种蛋白质构象选择机制的存在;同时模拟结果也显示出,在与苯丙氨酸结合的过程中,蛋白质起到了类似闸门的作用。对 Markov state model 的分析结果则发?#33267;?#19968;条高度灵活的茎环(hairpin )6,实验结果表明苯丙氨酸羟化酶的异构体L72W 的结构稳定性并没有向着激活状态改变。最后,对于ACT结构域单聚体的模拟结果:我们观察到,在自发进行的激活-休眠形态转换过程中,同样存在一种构造选择机制。这些机制的发现,让我们对苯丙氨酸羟化酶的激活控制有了更深入的认识,并且为将来开发新变构效应因子(allosteric effectors)、用以修复苯丙氨酸羟化酶的结构与功能性缺陷提供了可试验的假设。

译者按?#21512;?#20851;内容科普:

  1. 四聚体:四聚体为蛋白质四级结构中的一种蛋白质复合物名称,表示“?#20260;?#20010;亚基构成的蛋白质”。同理,下文中提到的单聚体即为“由一个亚基构成的蛋白质”。关于亚基的含义,下面的注释有单独的解释。
  2. 四聚体苯丙氨酸羟化酶:原核细胞的苯丙氨酸羟化酶是单聚体,真核生物体内的苯丙氨酸羟化酶则处于四聚体与二聚体的平衡状态引1,四聚体是酶高亲和力和搞催化能力的形态,四聚体的特异活性是二聚体的五倍引2。而本文的主要研究对象看起来只限于四聚体苯丙氨酸羟化酶。
  3. 变构:又称别构,即蛋白?#24335;?#26500;的改变。在这里,原文?#23548;?#19978;描述的是一个?#27688;?#26500;调节”的过程,所谓别够调节,简单的理解,就是酶(蛋白质)通过调整自己的结构来改变活性,以起到调节体内某种特定?#20174;?#36895;度的作用。
  4. 亚基:指参与组成蛋白质复合物(寡聚体或多聚体)的单个蛋白质分子。一个蛋白质亚基就是一条多肽链,而一条多肽链是由一组基因所编码,这就意味着每个亚基都由一组基因编码。引3
  5. ACT结构域:蛋白?#24335;?#26500;域(英语:protein domain)是蛋白质中的一类结构单元,是构成蛋白质(三级)结构的基本单元。引4ACT结构域是一种在蛋白质中非常常见的结构域,它与多种受氨基酸浓度调控的代谢酶有关。它得名于三种含有这种结构域的蛋白质: Aspartate kinase (天冬氨酸激酶), chorismate mutase (分支酸变位酶)和 TyrA (预苯酸?#20122;?#37238;)。引5这种结构能通过精确调整蛋白质的构象提供变构调节。
  6. 茎环:茎环(英语:Stem-loop,或译主干-循环)指一种分子内碱基配对方式,与因此形成的结构,可发生于单股DNA,但在RNA分子中较为常见。当形成的循?#26041;?#23567;时,也称为发夹(hairpin)或发夹环。引6

译者引用条目:

  1. 维基:Phenylalanine hydroxylase条目“Tetramerization domain”部分
  2. 苯丙氨酸羟化酶的研究进展》(《生命科学》第25卷 第4期 2013年4月)(?#23548;?#19978;,引用的这篇发表于2013年的文章已经在相当程度上解释了这篇项目论文的研究背景)
  3. 中文维基:蛋白质亚基
  4. 中文维基:蛋白?#24335;?#26500;域
  5. 维基:ACT domain
  6. 中文维基:[1]
  • 2018/08/11

PrimeGrid:发?#33267;?#30446;?#26263;?#20108;大的广义费马质数
2018年8月4日,PrimeGird 的广义费马质数项目发?#33267;?#35813;数:

2312092^524288+1 

这个广义费马质数长为三百三十三万六千五百七十二位,为当前已知的第2大广义费马质数,在所有已知质数大小排名中位列第24。
该数的发现者是来自爱尔兰的老铁 Rob Gahan (Robish)。使用?#24067;?#20026;:NVIDIA GeForce GTX 690 in an Intel(R) Core(TM) i7-3930K CPU at 3.20GHz with 12GB RAM, 运行 Windows 10 Professional Edition 。这台机器的GPU用了约2小时36分钟完成了该数的PRP检验。Rob是Storm team 的成员。

  • 2018/07/29

[email protected]:Distr. Hardware Evolution,BOINC平台计算程序问题
我们发现BOINC客户端在64位系统中有点小问题。
Boinc在64位系统中运行时,除非事先在cc_config.xml中设置过tag,否则会同时尝试调用32位和64位的计算程序,boinc 通过这种操作来测试哪种计算程序更快。
32位计算程序?#23545;?#24930;于64位,这就解释了最近为什么大家的得分都低了。

快速检查是否出现此问题的方法:

  • 查看任务管理器 -> 进程 ,看里面有没有名为java.exe *32的进程。
  • 还可以通过在网站上查看你完成的任务使用的计算程序版本来确认。

我们已经找到了解决方法,不过在解决问题之前,得先暂时停用32位的计算程序。 现在,?#33519;?#20572;止所有任务,然后更新一下项目就可以解决这个问题了。

  • 2018/07/27

GPUGRID:Windows 系统的计算程序恢复正常
我们已经修复了Windows 系统的计算程序。
如果你发现计算程序出现“197 (0xc5) EXIT_TIME_LIMIT_EXCEEDED”这样的错误,请尝试以下操作:

  1. 重新运行基准测试(benchmark)
  2. 重置本项目
  • 2018/07/26

[email protected]:我们很高兴的宣布:我们现在已经正式开始运行项目,欢迎大?#19968;?#26497;参与 如果你是?#29366;谓?#35302;我们,请在开始计算前看看这里 ,因为DHEP的工作方式与其他BOINC项目?#34892;?#19981;同,但你会发现这些不同确实是必要的。

  • 2018/07/25

[email protected]: 对ET发现的观测结果予以标准化,链接

  • 2018/07/10

[email protected]:发表了新成果
我们利用近期的计算结果在《天文与天体物理学报》上发表了一篇新论文。预印版现已可在ArXiv上获取。该论文提出的新模型很快即可在DAMIT获取。感谢大家的贡献!

  • 2018/06/13

[email protected]:GDPR: 限制对项目统计信息下载的访问
我们将禁止匿名访问我们的项目统计数据下载,从6月14日下午3点开始生效。 这一举措背后的原因是新的?#35775;?#36890;用数据保护条例(GDPR)及其对我们用户个人信息发布的义务。我们已经和我们的社区?#33268;?#36807;这个问题,并且找到了一个大多数人都能接受的方法。
不必担?#27169;?#20197;下服务及项目已向我们登记了个人用户的信息访问权,因此将能一如既往地收集我们的统计数据:

  • BOINCstats
  • BOINC Combined Statistics
  • Free-DC
  • GridRepublic
  • Gridcoin

我们还计划添加一个新特性,允许单个用户自动地以机器可读的形式(假定是XML)获取统计数据。我们将在它们准备好后尽快告诉大家。

  • 2018/05/20

恭贺 Team China 获得五枚铜牌!
2018年5月5日-19日为期两周的第九届BOINC国际五项赛结束了,在此次比赛中中国队 Team China 共获得 Marathon 项目 NumberFields、Swimming 项目 Universe、Cross Country 项目 PrimeGrid、City Run 项目 Asteroids ?#30446;?#21333;项赛铜牌,以及 Sprint 项目 Rosetta 的第六名,总分榜排名第三获得团体铜牌。

  • 2018/05/14

[email protected]:新的计算程序 使用的是与之前不同的、更大的数据集,将导致内存的需求增加到 1.5G。

  • 2018/05/14

[email protected]:在目前的实验中,我们利用基于色散的地-声反演方案研究了浅水波导声速剖面重构的精?#21462;?#36825;个问题被转化为特定的不匹配函数的黑盒最小化问题。
声速剖面被认为是具有固定均匀间隔节点的分段线性函数。在这些节点上声速值由反演过程得到。
本次实验的创新点是:声速剖面节点的深度也认为是反演参数的函数。注意到在 2017 年秋季实验中,我们认为深度是恒定的。

  • 2018/05/12

Collatz Conjecture:为 Window 64 位 CPU 准备的新版计算程序(1.40)已经释出。

  • 2018/05/07

Collatz Conjecture:发布了Linux 平台计算程序
Collatz Sieve 的Linux 平台计算程序现已发布。其中包含32位和64位两个版本的CPU、ATI OpenCL 、Intel OpenCL 以及nVidia OpenCL 的计算程序。

  • 2018/05/06

PrimeGrid: 不要使用397.31版本的Nvidia驱动
我们注意到最近Nvidia发布了新的显卡驱动,该版本的驱动造成了大面积的问题。397.31版本驱动看起来会导致显卡运行?#27426;?#26102;间后无法被CUDA和OpenCL程序访问,并且只能通过重启解决。这一问题有可能会影响到所有BOINC平台上的项目,?#23548;?#19978;,这个驱动有可能影响所有GPU程序,就算不是BOINC平台上的分布式计算程序?#21442;?#27861;幸免。

目前已经放出了397.55的hotfix 驱动,看起来已经修复了此问题。我强烈建议各位,要不升级至397.55,要不就干脆将驱动滚回397.31之前的版本。

  • 2018/04/20

[email protected]:新版本0.18发布:

  • 修复了内存泄漏问题
  • 去掉了一些没用的数据文件
  • 增加了对winXP的兼容性
  • 2018/04/05

PrimeGrid:2018年4月3日,PrimeGird 的Extended Sierpinski Problem 子项目发?#33267;?#19968;个超大质数:

193997*2^11452891+1 

该数长度为三百四十四万七千六百七十位,在目前已知质数中排名第二十三。This find eliminates k=193997; 10 k's remain in the Extended Sierpinski Problem. 该数的发现者为来自美国的老铁Tom Greer (tng*),使用的计算机为Intel(R) Xeon(R) E5-2620 v3 CPU @ 2.40GHz with 16GB RAM, running Microsoft Windows 10 。这台计算机用了约3小时45分钟完成?#25628;?#35777;。这位发现者是Sicituradastra. team 团队的成员。

  • 2018/04/02

[email protected]: 新的模拟任务
刚刚上线了14个新的模拟任务。名称为“de_modfit_XX_bundle5_NoContraintsWithDisk_1 ?#20445;?#20854;中XX为09-23中的一个数。每个任务都是用了不同的参数及星体文件,所以我这很有可能出现把文件搞混的问题。这些任务都已经测试好了,不过如果各位发现任何问题,请将任务名及具体症状发布至官方论坛。
这里面某些任务根据不同的运行环?#24120;?#21487;能会需要额外的计算量,任务得分会根据?#23548;试?#31639;量计算。

  • 2018/04/01

PrimeGrid:创纪录的新的胡道尔质数(Woodall Prime)
2018年3月21日,22:13:39 UTC ,PrimeGird 的胡道尔质数搜索项目发?#33267;?#36825;个超大胡道尔质数:

17016602*2^17016602-1 

胡道尔数是形如:W(n)=n*2^n-1 的数。其中的质数则称作胡道尔质数。更多信息请参见百科词条。或官方科普页面(英?#27169;篢he Prime Glossary (http://primes.utm.edu/glossary)

该数长度为五百一十二万两千五百一十五位,是目前发现的最大的胡道尔质数,在所有已发现的质数中排名第16.这是PrimeGird 第四次发现最大质数、第四次发现胡道尔数,且是自2007年12月以来?#29366;?#21457;现胡道尔数。

该数的发现者为来自意大利的老铁Diego Bertolotti (ScOrPIoN) ,使用的?#24067;?#20026; Intel(R) Core(TM) i7-2600 CPU at 3.40GHz with 8GB RAM ,运行Win 10 系统。该计算机花了4天6小时14分钟完成了对这个数的质数检验。Diego 是Boinc @ Italy 团队的成员。

更多信息请移步查看官方声明。

  • 2018/03/28

[email protected]?#33322;?#26085;美国彭博社发表了一篇题为《蛋白质工程有望成为科学的未来发展方向》的科学评论文章,介绍了[email protected] 项目背后的一些科学知识、蛋白质工程,以及 David Baker 。 链接地址

  • 2018/03/28

[email protected]:公测的参与者在我们的开发工作中扮演着至关重要的角色。
他们无私的计算为我们及时发现错误与隐患提供了很多帮助。在这里,我想对所有这些志愿者们说一声谢谢。我们为测试者们新做了一枚公测参与者专享奖牌,并且我们会将测试期间的分数独立出来进行统计。 再次感谢各?#27426;?#39033;目的贡献。

  • 2018/03/28

PrimeGird:2018年3月20日,PrimeGird 的子项目“搜索广义费米质数”发?#33267;?#36825;个数:

2061748^524288+1 

该质数长度为三百三十一万零四百七十八位,为目前已知的第二大广义费米质数,在已知质数排行榜中位列第22名。 该数的发现者是来自意大利的老铁Cesare Marini (Cesare Marini) ,使用?#24067;?#20026;NVIDIA GeForce GTX 1060 in an Intel(R) Core(TM) i7-6700 CPU at 3.40GHz with 32GB RAM ,在Windows 10 Professional Edition ?#26174;?#34892;的计算程序。这台机器的GPU花了大约一个半小时的时间完成了检验该数的工作。

  • 2018/03/27

[email protected]:服务器升级计划因主板上又一个CPU槽?#25442;?#20102;而?#29260;?#25105;们将推迟此次升级,研究一下换主板到底值不值。

  • 2018/03/24

[email protected]:即将发布新版计算程序 在接下来的几天里,我们将推出一款新的计算程序, 其研究目标为:新计算程序的探索目标是七次域,目前最好的上界是5e6,而这个程序将会将上界扩展到200e6, 也就是?#25285;?#23427;会找出所有判别式小于200e6的七次域。

  1. 该研究预计?#20013;?-6个月左右(也许会更长)
  2. 该程序与现有的decic 计算程序同时发放
  3. 该计算程序将只支持64位Windows 系统与64位Linux 平台。
  • 2018/03/23

[email protected]:两则新闻

    • 服务器的HTTPS协议

如各位所愿[email protected] 现在已经运作在HTTPS协议上。如果您在近几个小时中遇到了问题,原因应该就是协议的切换。可能?#34892;?#32454;节出?#33267;?#21464;动,不过整体运作起来应该是没?#24418;?#39064;的。
之前的URL 仍然?#34892;В?#19981;过已经重定向至HTTPS 版,所以您不必在BOINC中更改项目地址。
如果BOINC客户端要求您重新添加项目,不用鸟他。刚切换那时有一小段时间URL 是不一致的,不过现在已经没这个问题了。 如果您发现任?#25105;?#24120;,请及时与我们取得联系。

    • 服务器的问题

我们的服务器出了点问题,所以我们得对服务器进行回档处理。多亏了新的备份系?#24120;?#25105;们?#27426;?#22833;了18小时的数据。这期间发在论坛里的帖子可能会丢失,且今天发放的任务会出点问题。我们希望一切尽快回到正轨上。
我们对造成的不便表示抱歉。

  • 2018/03/21

theSkyNet POGS?#21512;?#22823;家简单汇报一下目前100MB数据块的分析进?#21462;?br /> 目前我们已经成功地处理完了16个数据集中的5个,而我们目前的速度是大约每周一个数据集。
结果数据库看起来状态也不错。我没发现太多验证错误(大约每30个结果中有1个出错),所以前景还是不错的。
顺便提一句,如果你在项目选项中勾选“运行测试程序吗?(Run test applications?)?#20445;?#37027;么你将只收到100MB数据块的任务。

  • 2018/03/20

World Community Grid:DSFL项目(搜索利什曼病治疗药物)对筛选出的10个潜在分子进行了实验?#20063;?#35797;,全军覆没。 研究人?#33519;?#25226;目光转至其他化合物。

  • 2018/03/17

PrimeGrid:又发现一个创纪录的广义卡伦质数(Generalized Cullen Prime)
3月11日,PrimeGrid 的子项目“卡伦/胡道尔质数搜索”找到了目前已知最大的广义卡伦质数:

1806676*41^1806676+1 

广义卡伦数(Generalized Cullen numbers)是指形如n*b^n+1的数。其中的质数就称为广义卡伦质数。
该质数长为二百九十一万三千七百八十五位,为目前已知最大的卡伦质数,在已知质数排行榜中位列第27名。
该数的发现者是来自日本的老铁Hiroyuki Okazaki (zunewantan),使用?#24067;?#20026; Intel(R) Xeon(R) E5-2670 CPU @ 2.60GHz with 4GB RAM, running Linux。这台计算机用了大?#35745;?#23567;时十三分钟完成了?#24895;?#36136;数的检验,Hiroyuki 是the Aggie The Pew 团队的成员。

  • 2018/03/16

VGTU [email protected]:我们最近正全力?#24895;暗?#35299;决当前研?#21487;?#30340;问题。
虽然计算程序的改变(即便相同版本号的计算程序也有所改动)、每一代的任务包的改变、计算结果分析的改变都没有明显到?#37238;魑欢?#23519;觉到,但我们确实在时时改进着项目。
在引入某项改进的时候,这项改进给任务生成程序带入了一个bug 。我们确信在3月12日已经将此bug修复。看起来从那以后再没有出现与任务生成相关的问题。不过,那些已经产生的错误任务包仍然存在,而且我们暂?#34987;?#19981;知道如何干掉他们。请不要担?#27169;?#36825;也不会浪?#36805;?#20301;的处理时间,计算程序在开始计算这种错误包的时候会?#33519;?#20986;现“ ERR_TOO_MANY_EXITS”错误信息。
好消息是我们已经开?#35745;?#33609;一篇关于项目研究成果的文章了。

  • 2018/03/14

[email protected]:Theory 子项目今日达成四万亿?#38382;录?#27169;拟!
[email protected] 项目的Theory 子项目(原Test4Theory),今天达成了四万亿?#38382;录?#27169;拟的里程碑。该项?#31185;?#21160;于2011年,是首个BOINC 平台上采用虚拟机?#38469;酰?#22522;于CREN 的CernVM 系?#24120;?#30340;项目。
我们在接下来的几天里会在[email protected] 项目官网与CERN 官网为各位提供更多关于此事的消息。
在此奉上一条报道,感谢所?#24418;?#26412;次成就贡献了力量的志愿者们!

  • 2018/03/11

RakeSearch:发布了新发现的正?#27426;?#35282;拉丁方阵
笑迎狗年到,喜事连珠炮?#21512;?#30446;满七月,方阵又找到!
目前我们正在研究分析该图表(figures 19-27)的方法。同时,这些工作还能帮助我们实现“在项目网站上展示各人发现”的想法。
感谢大家的参与,祝各位算好!

  • 2018/03/07

World Community Grid:IMP(微生物免疫项目)进展
在您的帮助下,我们已经预测了超过50000个优先蛋白质的结构!在我们肠道中200万种独特的细菌蛋白质的宏大计划中,这似乎并不是很多,但请?#20146;。?#36804;今为止的实验工作只涵盖了大约125000种蛋白质。在短短的6个月内,我们将已知蛋白?#24335;?#26500;的?#27573;?#25193;大了近28%,取得了巨大的进展!

您可能已经意识到,按照这个速度,预测所有的细菌蛋白?#24335;?#26500;需要数年时间才能完成。?#20197;?#30340;是,我们不必预测每一个结构,因为蛋白质可以分为不同的家族。这些家族由具有相似结构和功能的蛋白质组成,只有每个家族有一名代表成员才能全面了解家族的功能。一旦我们确定了感兴趣的蛋白质家族,我们将更详细地研究它们。

与此同时,我们已经调整了我们的战略,即如何优先考虑预测。而不是只看细菌的基因组(一个细菌物种的基因),我们研究了细菌pangenomes(所有菌株的基因属于同一物种)。然后我们把这些pangenomes根据患病个体之间在队列研究IBD和T1D的微生物的作用。这种方法使我们能够在项目早期发挥最大的影响力。我们不仅详细介绍了T1D和IBD中涉及的微生物,还扩大了对微生物组的了解。

我们现在正在从您的预测中提取信息,并?#20197;?#39033;目过程中,我们计划将数据提供给公众进行其他令人兴奋的研究。我们还在研究改进蛋白质功能预测的方法,使我们能够在迄今为止所做的数千次预测中找到涉及T1D和IBD的重要蛋白质家族。

由于您的慷慨捐助使所有这些进展都成为可能!关于微生物群还有很多需要发现的地方,但是在您支持的每一个计算中,我们正在更接近地了解每个人体内这个重要生态系统的细节,并了解IBD和T1D。 所以,谢谢,让我们继续共同努力,揭开微生物组的奥秘!

  • 2018/03/01

GPUGRID:发表了新的研究成果:《分子模拟驱动的新发现CXCL12?#31181;萍疗?#27573;筛选》
高兴的向大家宣布一个好消息,我们对CXCL12趋化因子(chemokine)的研究成果已经正式发表 ,相应的奖牌也已经发放完毕。我们更新了我们网站上的“科学”页面,大家现在能够在这里看到自己对此次研究的贡献。
再次感谢各位算友为项目作出的贡献!

  • 2018/02/26

[email protected]:发表了如下两篇论?#27169;?#23427;们包含了一些计算实验的结果,目的是研究图最短路径问题中启发式决策的质量(第一),并找到具有最短线数的拉丁对角平方和(第二)。:

  1. 图最短路径问题中有限深度优先搜索方法决策质量的比较 // Open Engineering. Vol. 7. Iss. 1. 2017. pp. 428–434. DOI: 10.1515/eng-2017-0041. https://www.degruyter.com/view/j/eng.2017.7.issue-1/eng-2017-0041/eng-2017-0041.xml?format=INT
  2. 使用志愿者计算来研究拉丁对角方块的一些特征 // Open Engineering. Vol. 7. Iss. 1. 2017. pp. 453–460. DOI: 10.1515/eng-2017-0052. https://www.degruyter.com/view/j/eng.2017.7.issue-1/eng-2017-0052/eng-2017-0052.xml?format=INT
  • 2018/02/11

Citizen Science Grid:针对 Widelife 子项目新的研究已启动。在上一批的结果中研究团队找到了有趣的发现,将于近期提交论文并向广大算友提供阅览。新一批任务包已经到位,如?#24418;?#39064;请至官方论?#31243;?#38382;。

  • 2018/02/09

World Community Grid:FAH项目有了新的研究工具及团队成员。
项目正在寻找一种可靶向于HIV内、保护病毒RNA的蛋白质壳(称为衣壳核?#27169;?#21270;合物。目前,?#24418;?#25209;准的药物靶向这种蛋白质壳。在此次更新中,Olson博士总结了团队迄今为止的进展情况,介绍了一种新的软件工具,以帮助他们开?#26500;?#20316;,并向我们介绍一位新的研究团队成员。同时,项目先?#25353;?#37096;分成果现在都已经收到,我们现在正在实验性地评估30种最有希望的化合物对抗前两个衣壳部位的过程。预计要花大约四个月时间,并重新启动虚拟筛选工作的第一阶段。

  • 2018/01/22

World Community Grid清水计算结果启发了二次研究
一个国际研究团队受到清水计划项目结果启发,使用了略微不同的模型研究氧分子以及水分子的扩散效应。


2017年

  • 2017/12/19

[email protected]:欢迎访问我们的新网站! 我们很高兴地告诉大家:对项目服务器和BOINC 服务端的升级工作终于完成了~如果发现新版网站和服务器软件有什么问题的话,请来告诉我们。

  • 2017/12/18

[email protected]:祝贺 [email protected] 最近在《自然?#27867;汀?#31185;学》杂志上发布论?#27169; ?#31185;学》杂志上的论文所?#35272;?#30340;计算机算力均来自于 [email protected]~(大部分还是?#20174;?#23433;?#21487;?#22791;)《自然》杂志虽无?#33519;?#25552;到 Rosetta 但是确使用到了项目的算力。祝贺并感谢大家的贡献呢~

  • 2017/12/15

PrimeGrid: 黎瑟尔问题项目(The Riesel Problem project )发?#33267;?#26032;的素数!
本月13日,黎瑟尔问题项目验证了一个新的超大素数:

273809*2^8932416-1 

并由此排除了黎瑟尔问题中k = 273809 的情况。这是PrimeGrid 在此问题中排除的第15种情况,现在还剩下四万九千种?#21364;?#27979;验。
该素数有两百六十八万八千九百三十一位数(2,688,931),在所有已知最大素数中排名第29。
此次发?#27490;?#21151;于来自德国的老铁Wolfgang Schwieger 。他使用的计算机CPU 为酷睿i7-6700k,内存为32GB ,系统为Linux 。这台计算机使用multithreaded LLR 检验该数花了2小时14分钟。Wolfgang 是SETI.Germany 团队的成员。

  • 2017-12-14

[email protected][email protected]被评为年度重要研究 恭?#21754;?#20301;!同时?#21754;行?#21508;位!化学与工程新闻周刊(Chemical and Engineering News ,美国化学学会出版的周刊)授予了[email protected] “年度研究”的称号。多亏了各位贡献的巨大算力,才是我们能够获得如此殊荣。谢谢!

  • 2017/12/14

World Community Grid:可?#20013;?#27700;?#35797;矗⊿ustainable Water)子项目的计算数据对科学家开放
该项目的负责人Gerry Learmonth 博士更新了项目的主要研究成果,并且对其他科学家开放了成果数据访问权限。
详情请访问链接

  • 2017/11/29

[email protected]:A4多核包14041、14042转移至ADV(参数下接包)。项目的研究目的:苯丙氨酸羟化酶(PAH)的基因突变会导致人体必备氨基酸苯丙氨酸(Phe)在婴儿及儿童时期的含量低下,造成不可逆的?#36816;?#20260;,苯丙酮尿??症的发病概率在1:12000。新的研究表明PAH会改变其形状以控制其酶活性,项目便研究 Phe 水平的升高对疾病的影响导致PAH的变化。

  • 2017/11/23

【喜报】Team China在WCG2017周年赛中蝉联冠军
2017年11月16~22日的WCG2017周年赛(13th Birthday Challenge)结束了,经过大家的一致努力,Team China以149040166点数的积分蝉联WCG周年赛冠军。让我们一起为大家共同努力取得的成绩而喝?#21097;?br /> 除TC外,中国大陆另有其他五?#27426;?#20237;分别获得第40名、第43名、第47名、第63名、第79名,另有台湾地区的一?#27426;?#20237;获得了第84名。让我们一同为大家的成绩喝?#21097;?br />

前十名最终分数及排名
  • 2017/11/20

PrimeGrid:本月16日,太平洋标准时间15:38:45,PrimeGrid的搜索广义费马数项目有了新发现:

3596074^262144+1 

这个费马数有一百七十一万八千五百七十二位数字,是目前已知的第6大的广义费马数,在目前已发现的素数中排名第53。 该素数的发现者为来自英国的老铁Howard Gordon ,他使用的?#27688;?#26159;GTX 1060搭配Ryzen 1950X ,内存32G 。这块GPU用了大?#21450;?#20010;小时检验了这个素数。这位老铁是团?#21360;癙rimeSearchTeam“的成员。

  • 2017/11/10

BOINC:Mac平台的新版?#31350;?#25143;端发布了。
修复了运?#24615;贠S 10.13 High Sierra下运行时出现GPU内存计算问题。

  • 2017/11/10

GPUGRID:已准备开始测试量子化学(QC)任务的新多核计算程序。因为这是我们第一次推出cpu计算程序,所以需要不少测试,接下来各位很快就会收?#25581;?#22823;堆叫做“*QC309big*”的测试包。
下面简单列几点新程序的特性:

    • 平台:目前Linux独占,原生x64
    • 线程:由boinc决定。根据?#24067;?#24773;况和boinc设?#27809;?#32773;其他我不知道的情况决定。。。(那就是有能力有多少用多少呗?
    • 运行时间:大概1cpu小时跑一个包(所以多线程时间会短些)
    • 分数:由原来的算法确定(都是小包,不会很高)。Bonus mechanism for fast turnaround is still on
    • 已知问题:重开程序和存盘点问题。关闭boinc的“暂停计算时程序驻留在内存”选项可以减轻症状。十分抱歉,这个问题我们办不了。。
    • 网络活动:?#29366;?#19979;载此类任务包的时候会同时下载一个Python 解释器 (miniconda)和一些开源程序包到项目目录下。
    • ?#25490;?#21344;用:大概能用到1GB左右,计算进行期间可能会占用多一些。
    • 内存使用:计算时大约要占用1GB左右。
  • 2017/10/16

BOINC:BOINC客户端 7.8.3 新版本发布!
此次发布针对 Windows 以及 Mac平台。

  • 2017/10/16

[email protected]:Windows 以及 Linux 平台上的 CUDA计算程序正在测试中。请注意在 Linux 平台下运行您需要确保 Gromacs 已经安装。Debian系使用(apt-get install)即可。
对于 Windows 平台,请确保您的 Nvidia 显卡为具备 CUDA 2.3 以上的计算能力(译者按:即桌面6系以上,具体显卡对应的CUDA能力列表请参见链接) 以及支持 AVX2 指令集的CPU(译者按:即Intel 四代以上,AMD 挖掘机系列以上)。
另外请忽视任务详?#24863;?#24687;中的估计完成时间,测试期间这是个bug。

  • 2017/10/05

[email protected]:发表 Nature 论文《大规模并?#24615;?#31639;下的新蛋白质设计于靶向治疗》
论文链接

  • 2017/09/26

World Community Grid:HFCC项目的主要目标是找到治疗神经母细胞瘤的药物。利用之前HFCC项目中大家计算的结果我们找到了一?#20013;?#20998;子,它在试管和小鼠实验中都非常?#34892;А?#29616;在我们诚征愿意冒险的制药公司来合作研制专利药品。 其次,在之前的计算结果中我们还发?#33267;似?#20182;一些分子,有治疗?#38047;?#25110;痴呆的潜在可能,我们同求有意向的制药公司进行合作研究。

  • 2017/09/19

[email protected]:发表 eLIFE 论文《强效阿片类药物芬太尼环境传感器的计算机设计》
论文链接

  • 2017/08/28

World Community Grid:微生物群免疫(MIP)新项?#31185;?#21160; 。微生物群是生活在我们体内的细菌,一个普通人体内大概有30万亿的细菌,其中大部分生活在肠道内。他们一般都是益生菌,但也?#34892;?#32454;菌?#19981;?#23548;致1型糖尿病、克罗恩病、肠溃疡,这些疾病在全世界发病?#35797;?#26469;越高。 但是科学家目前对细菌如?#25105;?#21457;这些疾病还知之甚少。所以我们发起了这个新项目,对细菌的相关蛋白进行研究。

  • 2017/07/26

[email protected]:三篇新论文
研究人员分析了我们从Advanced LIGO的第一次观测(O1)数据中得到的第一个结果。在这堆数据里我们没发现任何信号,不过我们给出了最?#32454;?#30340;(引力波背景)上限。

与这篇文章一同发表的还有两篇论?#27169;?#20027;要?#33268;?#30340;是本次研究中使用的一些新方法。

三篇文章已送审 Physical Review D 。我们会随时跟进并公布发表进?#21462;?

具体内容请访?#35797;?#21360;本网站arXiv

  • 2017/07/14

[email protected]:发表 Science 论文《使用大规模并行设计,合成和测试的蛋白?#25910;?#21472;之全局分析》
论文链接

  • 2017/05/19

【喜报】2017年BOINC国际五项赛TC获得团体铜牌,创历史佳绩
2017年5月5日-19日为期两周的第八届BOINC国际五项赛结束了,此次比赛中国队Team China创造了团体铜牌的历史佳绩。
同时在分项赛事中TC还获得了Sprint项目yoyo的银牌、City Run项目OpenZika的铜牌,Marathon项目Cosmology第五名、Swimming项目LHC第五名、Cross Country项目Einstein第六名。让我们一起为大家共同努力取得的成绩而喝?#21097;?br /> 2017Pan1 1.png

2016年

  • 2016/08/05

[email protected]:网页改版&换新Logo啦!欢迎大家前来参观,我们希望您喜欢新的设计和网页布局!
此次改版也是酝酿许久的成果
来花点时间来看看有哪些变化吧。有任?#25105;?#35265;都可以到论?#25104;现枚?#30340;两个热帖上发表意见

  • 2016/06/20

第七届BOINC五项挑战赛结束,Team China 取得总排名第?#27169;?#21333;项第二的好成绩!这也是TC目前取得的最高名次!成绩单 ?#33268;郟?#24635;结贴

  • 2016/01/13

[email protected][email protected]项目有超过1万个计算核并?#24615;?#34892;,用蒙特卡罗方法模拟ATLAS探测器中能?#30475;?3 TeV的质子-质子对撞,研究产生的双光子样本以学习希格?#20849;?#33394;子的性质。

  • 2016/01/11

[email protected]:最近我们将所有应用的vboxwrapper版本升级到了最新的v26178,现在我们可以推荐所有人去使用VirtualBox 5.0.10或5.0.12(及各版本对应的扩展包),配合BOINC推荐的最新版本7.6.22进行计算。
目前没有发?#36136;?#29992;这些版本的软件存在问题。

2015年

  • 2015/12/30

BOINC:7.6.22 版本已在 Windows 及 Mac 平台上发布!

  • 2015/12/29

存在多年的EteRNA在线[2]

  • 2015/12/06

[email protected]:回眸2015,展望2016。2016年,FAH将会在基建(客户端、服务端、运算核心等)、算法、分子模型的准确性、疾病的?#38750;?#30446;标上继续前行,不?#20960;?#22823;家的多年期?#25105;?#21450;项目整整15年的努力。

  • 2015/11/22

WCG 11周年挑战赛已结束,Team China 位列第四。官方比赛统计

  • 2015/08/29

第四届 [email protected]!-Event 已结束,Team China 位列14。获奖情况

  • 2015/07/28

BOINC:Diet BOINC 是一个无图形界面、轻量级的 X 桌面屏保并能与BOINC的原生屏保相互兼容。它避免了Linux或Python中缺失库文件的使用。

  • 2015/05/19

第六届BOINC五项挑战赛结束,Team China 位列第七。这也是?#20013;?#36827;步至第六名之后的?#29366;?#21517;次下滑。成绩单 ?#33268;郟?#24635;结贴

  • 2015/04/15

Virtual LHC:Vboxwrapper 升级至v261.66(所有平台)!
如有任何问题都欢迎到论坛内回复此帖
注意该版本取消了快照功能:当BOINC暂停或重启任务时,虚拟机将会被自动保存以代替先前的"关机"操作。意味着避免了丢失数据或重复计算。

  • 2015/04/14

[email protected]:启用Email服务
项?#30475;?#36816;行之日开始就一直饱受邮件服务之扰,而现在问题成功解决~
目前有两个邮箱:

[email protected] 
[email protected]

任何有关项目的疑?#35782;?#27426;迎邮件联系!

  • 2015/03/19

[email protected]:安卓版客户端开始进入开放公测阶段。依然研究乳腺癌关键蛋白激酶的抗药性变异。
接下来几个月,我们将着力于改进用户体验。目前beta测试版已经有15万次下载,有5.3万台手机参与。
Play商店链接

  • 2015/03/17

[email protected]:我们已经在主服务器上加入了奖牌功能。
除了所以奖牌图标上都有“T”字样之外,其它(包括分数节点)都与[email protected]主项目项目相同。

  • 2015/02/11

BOINC:BOINC翻译系统转移至Transifex。新地址

  • 2015/02/05

BOINC:BOINC正在向Github迁移(包括Bug数据库,项目文?#25285;?#28304;代码)。
原有的Trac系统今后变为?#27426;?#27169;式。

  • 2015/01/06

[email protected]:大家新年好!我们刚刚在此发布了关于CASP11计算结果的简要摘要。十分感谢您给予我们的帮助!谢谢大家!链接

2014年

  • 2014/12/26

FDA核准了一批激酶?#31181;?#21058;,可用于治疗乳腺癌(9104-9114项目)、白血病(10472项目)、其他癌症(10473、10471)。

  • 2014/12/03

World Community Grid:埃博拉是一种危害性很大的病毒。但是目前依然没有确实?#34892;?#30340;药物可以治愈它。所以我们启动了OET项目来寻找抗埃博拉药物。

在西非发生的大规模埃博拉传染,可谓是近现代最为可怕的公?#21442;?#29983;?#24405;?#20102;。为了应对这种危机,我们快速召集了出血热疾病相关的专家,着手寻找?#34892;?#33647;物。现在我们已经找到了几个?#34892;?#30340;靶点。于是我们和WCG合作立即开始了OET项目,进行药物分?#30001;?#36873;工作。
该项目支?#20540;?#33041;cpu和安卓手机。
项目负责人介绍视频

  • 2014/11/14

[email protected]ab initio nanoreactor的介绍

什么是 ab initio nanoreactor?
在an ab initio nanoreactor中,我们模拟?#27426;?#20998;子的交互作用。一般只模拟50-100个分子。在试验中这个分子数量很常见,但是对量子化学计算而言,这是非常多的。同时为了加快模拟速度我们会把分子尽量挤?#25581;?#36215;。

an ab initio nanoreactor的重要性
一般来?#25285;?#23454;验法主要用来发现新的分子和?#20174;?#36890;路,而计算法只起到辅助作用。但是通过最近的研究,我们发现计算也可以主导实验法,先用计算模拟假设理论结果,再来实验验证。an ab initio nanoreactor的应用非常广泛,包括发现新分子,新?#20174;?#36890;路,生命起源,星系诞生,催化?#38469;酰?#22320;球大气等?#21462;?br />

研究结果
我们进行了两个模拟,先是纯乙炔分子,再是早期地球大气的混合分子(即著名的尤里-米勒实验) 第一个实验中,我们进行了5百皮秒的模拟,发现生成了上百种分子,不仅包括已知的分子,还发?#33267;?#24456;多新分子。 而尤里-米勒模拟中,生成很多小分子,包括氨基酸(蛋白质的基本成分),尿素(参与新陈代谢,也是实验室合成的第一种生命物质)还有很多其他分子。他们?#35745;?#36941;存在于陨星或星云中。同时我们发?#33267;?#19968;系列复杂的连锁?#20174;Γ?#36229;过7白种),大部分都存在于我们生活的环境中。我们还发?#33267;?#27700;和氨可以起到催化作用。此外我们还发现在甘氨酸的合成过程中,氢分子基本上不参与?#20174;Α?

  • 2014/10/28

World Community Grid十年探索:儿童癌症领域里的突破
Help Fight Childhood Cancer 项目的志愿者们为该项?#30475;?#19977;百多万种药物中筛选出7种极具潜力的药物,这些药物很可能成为今后治疗成神经细胞瘤的药物,这7种药物已在小白鼠身上进行了实验并取得了很好的效果。这项成果给研究人员很大的鼓舞,因为在过去20年里对这?#24535;?#30151;的研究进展十分缓慢,而且该项目目前取得的成果对许多成人癌症也有较大帮助!为此日本千叶大学的Nakagawara博士非常感谢所?#24418;?#35813;项目作出贡献的志愿者们(志愿者们为该项目贡献了超过5.5万年的计算时间),为了进一步的研究,他?#22815;?#22312;WCG上发起第二阶段的研究,用以找到其他儿童癌症的潜在治疗药物。

  • 2014/10/27

[email protected]:几个月前我们开始了?#30001;?#32032;的研究,如今我们已经得到了大概600毫秒的模拟数据,而且已经开始了初步的数据分析工作。振奋人心的是,我们貌似一击即中,已经找到了试图寻找的构象变换。为了提高结果的统计学精度,我们还要进行更多的模拟数据。不过我们相信,依靠这些数据,我们能揭开某些?#30001;?#32032;变异导致致盲的机理。

  • 2014/10/25

[email protected]:49个数字集合中已经完成了第25个,现阶段正进行26至27号集合的运算。

  • 2014/10/25

[email protected]Arecibo数据发现新的脉冲星
恭喜志愿者 James Drews, UW-Madison 和 juergenstoetzel 发现新的脉冲星 J1859+03!
这?#24597;?#20914;星由"Arecibo Observatory PALFA研究"的数据所得,也是由 Drews 发现的第二?#24597;?#20914;星。

他在Wisconsin在威斯康星大学麦迪逊?#20013;?#24037;作,在[email protected]总积分排名第九。

T4溶菌酶

这次结果会选择合适的时间发表,详情请见:链接

  • 2014/10/24

[email protected]:T4溶菌酶,一个研究蛋白质稳定性的理想模型。带有L99A变异的T4溶菌酶,可以绑定很多‘滑腻的’分子(比如苯)。我们的目标是通过10470项目更好的研?#30475;?#26377;L99A变异的T4溶菌酶的绑定机制。这样我们将来就可以研究出配体绑定性能更好的药物(靶向?#24895;?#39640;、更?#34892;В?

  • 2014/10/23

World Community GridCEP项目盛夏的果实
首先我们对数据库表进行了重新设计,提升了查询速度,增加了存储字段,改进了数据压缩算法(可以节省不少空间)。 暑假来了3名实习生(Kewei, Trevor和Daniel),他们利用机器学习?#38469;?#23545;我们生成分子的方法进行了优化。今后他们?#22815;?#32487;续帮助我们。
论坛的朋友应?#20204;?#26970;,我们改变了WU的数据结构,虽然期间出了点儿问题,不过还好现在都已经解决了。新的数据结构可以让我们添加更多的分子进行筛选,有助于我们找到最佳的有机太阳能分子。
感谢大家一直以来的帮助。最后还要特别感谢Carolina Roman-Salgado。她9月底就要离开CEP项目组,搬去加利福尼亚州了。她为数据库改造、网站建设、还有我们的结果公开网站molecularspace.org做出来巨大的贡献。而且最近她还在义务帮网站进行改造升级。Carolina你永远是我们的?#38376;?#21451;,CEP随时欢迎你回家探亲。

  • 2014/10/22

World Community Grid十年探索之将碳基太阳能电池的效率提升一倍
与哈佛大学合作的清洁能源项目的目标是寻找有机太阳能电池材?#24076;?#30446;前已经鉴定了3.5万个潜在化合物(而在此项目之前科学家仅仅找到了几种潜在化合物),在大家的努力下,我们还可以鉴定更多的物质。
传统的太阳能电池是基于硅材料的,既昂贵又坚硬。相比之下,碳基材料就要更便宜更柔软,而且可以用喷墨打印机来进行打印。它们可以印在屋顶、?#22870;?#29978;至你的衣服上。
自从08年CEP项目开?#35745;穡?#22312;志愿者们的帮助下,我们已经筛选了超过2百万个有机分子。去年夏天响应奥巴马发起的材料基因倡议,我们已经公开?#25628;?#31350;结果。该举动得到了白宫的好评。加快了高端材料科学的发展。

  • 2014/10/15

[email protected]:服务器割接完成。我们希望大家喜欢新的界面,如有任何问题请及时与我们联系。

  • 2014/10/12

GPUGRID:我们正在重新测试cpumd多线程CPU计算程序,如遇bug请贴至此帖

  • 2014/10/10

[email protected]:OWS子项目快结束了,上报期限减少到5天。

  • 2014/10/10

World Community Grid:World Community Grid‘拉皮条’奖章起售
WCG马上要满10周岁了。为此我们新增了‘拉皮条’奖章。如下:

铜牌——拉1个
银牌——拉5个
金牌——拉10个
红宝石——拉25个
绿宝石——拉25个 (译注:肯定是官人调皮,复制?#31243;?#32511;宝石后忘改数量了。)

‘拉皮条’方法,在官网 My Contributions 页面 Recruited Volunteers 找到你的分享链接,然后发给‘?#24405;搖?

  • 2014/10/07

vLHCathome:在许多志愿者将近一年的要求之下,我们决定是时候给多核CPU设备发送多个任务包。作为试水目前的最大允许量为两个。欢迎将相关bug贴至本帖

  • 2014/10/06

MilkyWay:V1.36版本分离程序正式发布。发现任何bug欢迎将其贴至本帖,感谢亲们的大力支持。

  • 2014/09/05

PrimeGrid:于 2014 年 8 月 22 日, 4:33:59 UTC,发?#33267;?#36229;大素数 27*2^4583717-1。

  • 2014/08/05

[email protected]:V17版本已发布。
基于 vboxwrapper 26086 构建,并更新了下列内容:

  1. 为暂停及恢复任务提供支持。
  2. 虚拟机文件(vdi格式)的体积递增速?#24335;?#20808;前版本有所放缓。
  • 2014/07/17

[email protected](原名 [email protected]:VirtualBox 请选择 4.3.12或 以下 的版本,以免报错。下载链接
译注:如果电脑上没有VBox,可通过BOINC官网下载"BOINC+VirtualBox"。 此版本可放心使用

  • 2014/08/05

PrimeGrid:为了庆祝英仙座流星雨(八月流星),PrimeGrid 将于8月13日至8月15日(UTC+8)举办 The Riesel Problem Sieve (TRP-Sieve) 子项目挑战赛。欢迎您来参与这有趣的竞赛,有任?#25105;?#38382;可至官方?#33268;?#24086;留言

  • 2014/08/05

[email protected]:N-Body V1.42 版本已发布。更新包括了对矮星?#30340;?#22359;的优化以及新的数据描述功能。

  • 2014/08/03

[email protected]:300个新任务包已发布(约40小时/包)。如果在运行时遇到问题欢迎到官方论坛发帖。
别忘了在帖内附上在共享文件夹内的日志文件(the slot\...shared folder)。

  • 2014/03/14

World Community Grid:发布 Mapping Cancer Markers(MCM)新版计算程序,解决了某些任务存盘点异常的bug。

  • 2014/03/06

[email protected]:蛋白质研究模型取得重大突破。在模拟中,我们使用模?#20572;?#20063;叫力场)来研究蛋白质分子间的相互物理作用。最近我们在这个领域取得了重大进展。
详见杂志链接1 2

  • 2014/03/05

[email protected]:有关癌症(激酶)的论文已发表在自然杂志上,不过由于NIH(美国国立卫生研究院)的要求,目前该文章收费,1年后才能免费访问。
?#38469;?#25688;要
激酶的异常活跃可以导致机体信号紊乱及癌细胞增生。为了彻底了解激酶的大规模构型变化,我们借助了分子动态模拟?#38469;?#36827;行模拟。计算结果揭示了全新的变构中间态,今后有可能成为新药物研发的突破点。

  • 2014/02/20

World Community GridHFCC(?#22815;?#20799;童癌症)取得进展!
由于现代医学的发展80%的儿童癌症都可以得到及时的诊断和治疗。但是神经母细胞瘤是个例外。超过半数的神经母细胞瘤是恶性的,而恶性肿瘤只有30%的治愈?#21097;?#36817;20年没有任何改善)。
借助IBM的WCG平台,我们发?#33267;?种新的潜在药物,可以在不影响正常细胞的前提下,消灭癌细胞。
神经母细胞瘤细胞表面有个TrkB受体,一旦有分子和该受体结合,癌细胞就会自毁。因为大多数癌细胞(例如:乳腺癌、肺癌、?#35748;?#30284;、前列腺癌、肠癌以及癌细胞扩散)都和TrkB受体有关,所以我们的药物不仅可以用于神经母细胞瘤治疗,也很有可能用于其他癌症治疗。
在其后的实验?#20063;?#35797;中,我们发现这7中候选药物,只用很小的剂量就能杀死实验鼠体内的神经母细胞瘤,而且没有大都副作用。研究结果论文发表在2014年1月的《癌症药物》杂志上了。
据?#25628;?#31350;结果,我们现在正在寻找合作制药厂商,进行后续的开发及测试。

  • 2014/01/31

SIMAP?#21512;?#24050;发布Android 版本的SIMAP计算程序,我们邀请了使用智能手机和平板电脑的用户来测?#24895;?#31243;序并希望不再出现太大的问题。请在项目论坛 http://boincsimap.org/boincsimap/forum/ 报告bug。

  • 2014/01/29

[email protected]?#21512;种?#25345;Intel GPU啦!我们为支持OpenCL 1.2的Intel GPU发布了新的计算程序V7.03。如果您有Intel GPU并想加速运算速度,确保在项目设置里已经勾选“使用Intel GPU?#20445;?#20877;次感谢lunatics.kwsn.net的所有成员测?#24895;?#35745;算程序。

  • 2014/01/29

[email protected]:正在?#21364;?#19968;个新的试验。当前试验所需的所有任务包均已生成,新的试验马上就要来了!目标之一是分析Bivium的?#29992;?#23494;码。

  • 2014/01/01

[email protected]/T4T:大家新年快乐!我们将会很快引入新的 T4T wrapper 以及 VirtualBox 计算程序,耐心?#21364;?#21734;!

2013年

  • 2013/12/31

[email protected]:大家新年好! 朋友们,我们将迎来这新的一年。为了您和他人的安全,请不要酒后驾车哦!

  • 2013/12/30

[email protected]?#22909;白?#25171;破纪录的风险,#17阶?#25105;?#23436;成。现在正准备运行第18个数字104的下一个阶段。再次感谢所有的参与者们!

  • 2013/12/29

[email protected]:之?#27688;?#26364;实验室对二氢叶酸还原酶(缩写:DHFR) 进行?#25628;?#31350;,目前已取到足够数据,开?#38469;?#25454;分析了。DHFR在抗癌和抗菌药物研究方面意义重大。事实证明,DHFR的构型动力学对药物研发至关重要,不过我们现在对此了解还不够深入。希望我们能借此机会对DHFR蛋白进行更?#30001;?#20837;的研究。

  • 2013/12/28

[email protected]:我们已将奖章功能更新至最新的BOINC服务器代码中!奖章会颁发给前1%、5%、10%的顶尖用户和团队,以及前25%的最近平均积分高分者。?#22815;?#27599;天进行分配、更新。感谢大家的贡献!

  • 2013/12/28

[email protected]: 大家好!我们正尝试重启本项目。能让对项目感兴趣的人们重新聚在一起是再好不过的了。

  • 2013/12/23

[email protected]

  1. 在下载完任务之后,项目就会在VirtualBox 虚拟机中运行,日志和运行结果文件被保存于共享文件夹之中(例如: Windows 下的 C:\ProgramData\BOINC\slots\0\shared,苹果和Linux下的 BOINCDATAPATH/slots/0/shared)
  2. x86_64架构 V14 版计算程序已经发布!并在Windows 系统下得到测试。?#27426;?#22312;Mac和Linux环境下的测试还未进行。如果您在运行V14时?#24418;?#39064;,请在论坛中报告问题。

译注:BOINCDATAPATH为变量,即安装BOINC目录下的“slots”文件?#23567;lots后跟具体的数字可在BOINC管理器高级视图中点击正在运行中的[email protected]任务,左侧命令栏中点击“属性?#20445;?#22312;倒数第二行“目录”中显示的数字即为对应的数据文件?#23567;?/small>

  • 2013/12/24

[email protected]圣诞快?#31181;?013年终总结
又到年底了,该写年终总结了,我们也不例外。一般情况下我们计算、分析、发表论文大概要1年时间,所以13年的成就大部分来自于12年的工作,而今年的工作,要到14年才有体现。那么现在就让我们回顾过去,展望未来吧。
2013总结之开发篇。由于?#26434;?#26704;的?#29992;耍?#24320;发了core 17版GPU内核,给显卡计算效率带来质的飞跃,同时?#24067;?#20837;很多新功能,也对linux GPU提供了原生支持。V7客户端加入了网页界面,简化了操作。同时为FAH加入了智能采样算法,让我们能更好的利用FAH的计算力[注1]
2013总结之新结果。利用谷歌的内部服务器集群,我们对GPCRs进行了详细研究,为将来的药物设计研?#30475;螄录?#23454;基础。
2013总结之新项目。很多志愿者要我们加强癌症方面的研究力度,而激酶是抗癌药物的关键,所以2013年的工作重心放在了激酶上。第一篇论文已经提交了,其他后续文章正在积极准备中。一旦有新消息我会及时告知大家。通过对激酶的研究,我们发?#33267;?#24456;多新的可用于药物研发的中间态。这可以使将来研发的药物,更具有靶向性,效果更?#36873;#?#20247;所周知,目前普遍使用的化疗,木有靶向性,不但攻击癌细胞,也攻击正常细胞,副作用极大)。而且Memorial Sloan Kettering癌症研究中心的?#29992;耍?#20063;使我们如虎添翼。老年痴呆症[2]和传染病方面的研究也有重大突破,新论文正在发表中。研究的主要方向是药物重利用,即在现有药物中寻找可以混合起来治疗疾病的鸡尾酒新药。这样‘新药’就可以?#33519;?#36827;行2期临?#27493;?#27573;,这种方法至少比其他方法能提前十年进入临床使用。
展望2014?#21512;?#26395;能加大宣传让更多的人加入FAH。发布新的更加人性化的客户端和服务器端。专门雇佣了志愿者关系维护人员,搞好与志愿者们的沟通[3]。2014将有更多的合作者?#29992;恕?br /> 就剩一句了:2013主要升级了客户端和内核(尤其是core 17)。项目方面主要研究了癌症、老年痴呆症、传染病。在更多服务器集群?#29992;?#30340;情况下,FAH的算力将取得突破。希望和大家共创2014年的辉煌。谢谢大家!

译注:

  1. 我也不太清楚这是个什么东东。
  2. 学名称作“阿尔茨海默症?#20445;?#36825;里使用俗称“老年痴呆症?#20445;?#19979;同。
  3. 看到这句,我蛋疼的不行了!
  • 2013/12/20

[email protected]:在《自然化学》杂志发表文章。主要提到利用谷歌的集群服务器,研究B2AR(与哮喘、心脏病有关)的蛋白质动力学。

《自然化学》20131220

原始新闻源

  • 2013/12/18

PrimeGrid:子项目“Sierpinski / Riesel Base 5 (LLR)”找?#25581;?#20010;超过一百万位的质数—— 173198*5^1457792-1 , 从而证明了 k=173198 不是“Riesel Base 5 number?#20445;?#22522;数为5的黎瑟尔数)
译注?#21917;?#23384;在正?#38469;?k,使得对?#25105;?#38750;负数n,k*5^n-1 都是合数,那么 k 被称为“Riesel Base 5 number ”。

该质数的十进制表示有1,018,959位,收录于“The Largest Known Primes Database?#20445;?#26368;大已知质数数据库),排名第67位,链接

这是第一个已知的“base 5 mega prime”。
目前,仍有88个正?#38469;?#26410;知是否为“Riesel Base 5 number ?#20445;?#35831;参考链接

发现者是来自队伍“Team 2ch”的日本人 Motohiro Ohno (ID: syusui)。
机器配置:
Intel(R) Core(TM) i3-2120 CPU @ 3.30GHz,4GB 内存,Microsoft Windows 7 家庭版。
这台机器花了22小时29分完成了"primality test using LLR"。

来自队伍“Duke University”的美国人 Scott Brown 验证了此次结果,用时33小时22分。
机器配置:
Intel(R) Core(TM) i7-2600 CPU @ 3.40GHz,8 GB 内存,Microsoft Windows 7 家庭版。
详情请见官方文档

  • 2013/12/12

theSkyNet POGS:theSkyNet 的两位科学家 Kevin Vinsen 和 David Thilker 在 Astronomy & Computing 上发表了一篇论文

  • 2013/12/05

[email protected]GPU OpenCL 子项目 gpucrystal终止,下一期OpenCL任务于2014年1月开始。请各位算友及时转移多余算力,在这段空白期内支?#21046;?#20182;项目(参见GPU 计算)。

  • 2013/12/02

[email protected]:新界面上的?#33268;?#25353;钮已上线。现在您就可以在?#33268;?#21306;发上些许片段(相对于整?#38382;悠担?#35813;功能的论坛代码为:

[video_new='#t=,'] [/video_new]

您可以在这里看到示例。
如?#24418;?#39064;请及时向我们报告!

  • 2013/12/01

[email protected]:修复了视?#23548;?#36733;速度慢的问题。我们启动了一个脚本,使得这些视?#30340;?#22815;重新转码。通过调整ffmpge设置将至原来的四分之一大小。通过连夜的运行测试,50个视频样本已均无问题。现阶段的任务,就是要?#24052;?#29190;”视频服务器的所有CPU核心。大约有11000个视频要通过8个核心进行处理,我们希望这能在接下来的一两周之内完成。

  • 2013/11/16

World Community Grid:九周年快乐!在World Community Grid这第九个年头,我们看到了其多个第一:手机计算程序,六个网格计算项目的完结以及清洁能源项目结果的发布。感谢所有帮助完成这些成就的志愿者们!

  • 2013/11/15

[email protected]:OGR 子项目已完成 96% 我们已经接近完成OGR-27项目。也许你已经注意到得到OGR任务包比以往更加困难,因为我们需要开始回收剩余的任务包。阅读有关博客

  • 2013/11/15

theSkyNet POGS:在第一个小时内对CPU使用率是很大的挑战。在5:00UTC之前,一切都是那么寂?#30149;?#27604;赛开始后,高达7000个以上的计算结果突然上传至服务器并将被验证。仅在第一个小时内,我们给出了超过5000000点积分。而昨天只给出6205611点积分。

  • 2013/11/14

[email protected]/AstroPulse_Beta:ARM Android 平台的 [email protected] v7 7.23 上线。目前推出了两个版本:armv6-vfp 和 armv7-vfpv4,如果能正常运行,将会有推出更多的程序(不?#27426;?#34987;原来的更好)。同时,将会开发基于MIPS 和 x86 架构的 android 版本。(龙芯2F/MIPS64的计算程序

  • 2013/11/10

[email protected]:2013-11-10:David BakerAnd 涉及到 [email protected] 的日志文章最近发表在加拿大《?#38750;蠐时ā?#19978;,链接

  • 2013/11/8

World Community Grid:正式发布新项目Mapping Cancer Markers project。

  • 2013/11/8

BOINC:版本7.2.28发布!(程序下载/更新信息/发行说明/版本历史

  • 2013/11/7

[email protected]:Core17转正(现在不用加adv参数了,同时Core15 和 Core16下线),并更新至0.0.52版。
主要更新:
单N卡,可以打开温度上限功能,达到指定温度停算,不过改功能默认关闭。如果要打开,参数为tmax(温度限制,不?#37238;?#20110;110°),twait(暂停时间,最少900秒)。

  • 2013/10/18

BOINC:基于Windows图形化界面的BOINC客户端设置器,详见此链接

  • 2013/10/18

World Community Grid:来自研究团队的?#29616;?#38382;候!非常感谢您参与什曼病的药物搜索的网格计算。项目第一阶段正式结束,研究人员已着?#36136;?#29702;志愿者提交的7TB数据,项目第二阶段可能会在明年开始。

  • 2013/10/14

CONVECTOR:寻找志愿者测试新计算程序,通过BOINC客户端添加新项目

  • 2013/10/10

[email protected]:Martin Karplus, MICHAEL LEVITT 和 Arieh Warshel 因发展了“复杂化学系统的多尺度模型?#20445;?#20849;同获得2013年?#24403;?#23572;化学奖。其中,Karplus 是 “CHARMM软件包” 的创始人,而该软件包被用于 [email protected] 这个项目。这届?#24403;?#23572;化学奖肯定了30年来计算模型和超级计算机对分子动力学的研究。我们非常荣幸能利用 [email protected] 为此作出贡献!

  • 2013/10/7

BOINC:BOINC 九周年研?#21482;?#20110;?#29616;?#20030;行,在官网下载视频和幻灯片以及在Hackfest的活动日志之中。

  • 2013/10/4

[email protected]:minirosetta_beta 计算程序现已升级至3.48版。我们将会在不久发送新任务,请在此帖中提交漏洞与问题。

  • 2013/10/3

[email protected]?#22909;?#22269;国家射电天文台将因政府停摆而关闭。我们已接到通知,如果政府继续停摆,位于Greenbank的国家无线电天文台将在星期五晚五点被关闭。目前没有立即观察的计划,所以短期内将不会有所影响。
我们未收到在Arecibo的任何影响,因为它根据合同使用而非政府管辖。我们希望观察将会继续。

  • 2013/9/19

[email protected]?#33322;?#22825;已达到1万亿总数!恭喜并感谢所有帮助CERN达到1万亿总数成功模拟的志愿者们! CERN 已经将具体内容发布在此链接中。

  • 2013/9/18

World Community Grid:清水计算项目进展。研究人员正在分析大量收到的数据并将结果总结成报告,将被提交给同行评审期刊。

  • 2013/9/18

[email protected]:官方论坛 foldingforum.org 停机维护,连接?#29992;埽?#20170;后可以使用https协议访问论坛了。

  • 2013/9/10

PrimeGrid?#21512;?#24050;支持 ATI GPU 的 OpenCL Genefer 程序! 假如您的 ATI GPU 支持双精度运算, 那么可以运行以下子项目:

 Generalized Fermat Prime Search (Short n=20)
 Generalized Fermat Prime Search (World Record n=22) 

您也可以使用Nvidia GPU 来运算 OpenCL 程序。
对此 OpenCL 程序的更多?#33268;?#35814;见官网链接

  • 2013/9/8

[email protected]警告:请勿升级到 VirtualBox 4.2.18。
VirtualBox 4.2.18 似乎?#34892;?#38382;题。请继续使用 v4.2.16 或以下的版本。

  • 2013/8/18

[email protected]:新的子项?#31185;?#24322;奇数搜索正在测试中,需要在个人设置中允许测试程序方可获得计算单元。目前只有64位Linux的计算程序。

  • 2013/8/18

[email protected]:我们已经为观看视频者更新了奖章,这基于观看时间(代替了积分制度),感谢DoctorNow的建议。 同样为不同奖章新增了一个描述页面

  • 2013/8/18

GPUGRID: 新 acemdbeta 计算程序。我们正新推出专为 Nvidia GTX 780系列以及 Titian 设计的Windows和Linux计算程序。如果您有以上类型的显卡,请选择“acemdbeta”计算程序并尝试下载一些任务包。为两个架构提供的测试程序版本号为7.02。请至项目官网提交您的使?#37238;?#21463;。

  • 2013/8/16

PrimeGrid:需要拥有 ATD/AMD GFN 显卡的测试者。感谢 Yves Gallot, 我们现在?#24615;誦性贏TI/AMD显卡上的OpenCL计算程序 Genefer。 如果您拥有 ATI/AMD 显卡并且希望运行GFN任务,或者想帮忙测试,您可以到官网下载GeneferOCL计算程序。需要使用 "app_info.xml" 匿名平台机制来运行GeneferOCL。目前只有64位Windows版本的计算程序。

  • 2013/6/25

[email protected]/AstroPulse Beta:为MacOS/X64 Nvidia 及 ATI/AMD 提供的 Astropulse 6.07 计算程序已经发布。 需要 BOINC 7.0 以后的版本,已在帖?#30001;?#25253;告了这个问题。

早期下载Nvidia任务包被拒绝权限的问题已经解决。

小贴士: 项目方也于13日发布了Windows系统下 Intel GPU 计算程序。
  • 2013/6/15

[email protected]:一些用户提到了本项目观看视?#23548;?#36816;行任务包的奖章。尽管我不是一个?#22841;我?#26415;家,但如果有用户提交一些一些潜在的奖章,我将很高兴接受!如果你想的话,把意见放到项目网站上吧!

  • 2013/4/27

[email protected]:[email protected]开始运行。该项目是华东理工大学的分子模拟BOINC分布式计算项目,用与计算机辅助药物设计中,目前处于试运行阶段,?#27426;?#26102;有计算任务发布,欢迎大家的积极参与,为新药的的设计研发做出贡献。(更多

  • 2013/4/20

PrimeGrid:作弊人?#34987;?#20998;清零,PPS子项目失去大量数据,需要约一个月重算。详情

  • 2013/4/7

[email protected]:由于一个数据服务器意外?#35272;#?#26381;务器不得不暂停运行。项目方正在和服务器提供者联系,试图恢复数据及解决问题。目?#25353;?#23478;将无法使用 [email protected] 项目,对此造成的不便我们深表歉意。

  • 2013/3/24

[email protected]:TreeThreader 计算程序版本更新,错误率大幅下降。(详情

  • 2013/3/17

[email protected]?#21512;?#30446;发表了两篇关于搜?#22885;?#20914;星子项目的研究论?#27169;?a rel="nofollow" class="external text" href="http://arxiv.org/abs/1303.0028">arXiv:1303.0028、arXiv:1302.0467

  • 2013/2/6

GIMPS:发?#33267;?#31532;48个?#39134;?#32032;数 M(57885161),这也是目前已知最大的素数,逾一千七百万位。它是由中央密苏里州立大学教授 C. Cooper 发现的,这也是他发现的第三个?#39134;?#32032;数。GIMPS项目将为其颁发3000美元的?#33519;稹?

  • 2013/2/3

[email protected]Harmonious Trees 子项目支持 Android 平台(通过 NativeBOINC 平台)。

2012年

2011年

  • 05/14 中国科学院高能物理研究所在?#26412;?#23558;举办关于 [email protected] 的科普活动、讲座和?#33268;郟?#37325;点介绍 [email protected] 在火狐浏览器的扩展。您也可以免费参加!(详细
  • 04/23 清水计算项目的首项科研成果发表在了国际物理学界一流期刊《物理学评论E》(Physical Review E)上!(详细
  • 03/05 BOINC 创始人 David Anderson 等人将到访?#26412;?#21442;加分布式科普活动。您也可以免费参加!(详细



2010年

  • 02/11 刊载于 RPI 的关于 [email protected] 的译?#27169;?a href="/wiki/%E5%9B%A2%E7%BB%93%E4%B8%96%E7%95%8C%E5%90%84%E5%9C%B0%E7%9A%84%E7%94%B5%E8%84%91%E7%BB%98%E5%88%B6%E9%93%B6%E6%B2%B3%E7%B3%BB" title="团结世界各地的电脑绘制银河系">团结世界各地的电脑绘制银河系。
  • 02/06 BOINC 平台的新生命科学类项目 RNA World(beta)开放注册了。



2009年

  • 06/12 GIMPS 项目已找到第 47 个?#39134;?#32032;数!(详细



2008年

  • 07/03 [新闻] IBM 超级计算机帮助解决稻米危机。 (详细)

2006年